急性呼吸器感染症
直接入院される市中肺炎や他院で難渋された重症肺炎の治療にあたっています。急性呼吸不全時には、高濃度・高流量酸素投与法であるネーザルハイフローやマスクを用いた人工呼吸（NPPV）などの最新の呼吸管理を行うことができます。
肺MAC症は、患者さんごとに臨床経過が著しく異なるため、個別に治療方針を立て慎重に治療しています。切除可能な症例では積極的に呼吸器外科と連携して手術を行っています。肺結核については、京都府南部の拠点病院として結核病棟があり、入院治療を必要とする患者さんについては京都府下の医療施設からの紹介を積極的に受け入れています。また地域の保健所と連携し、地区の結核審査会にも参加し、行政と連携しながら結核治療を行っております。多剤耐性結核に対しても、院内感染対策として専用の病室を備え、呼吸器外科と連携して集学的治療を行っています。
慢性呼吸不全に対する酸素療法やNPPVおよび呼吸リハビリテーション等の呼吸管理をしています（現在、在宅酸素症例：150名、在宅人工呼吸症例：60名）。こうした患者さんに対する急性増悪時の呼吸管理を得意としています。また、ALS等の神経筋疾患の呼吸管理も行っています。南京都病院には60床の慢性期病棟があり、慢性呼吸不全患者さんを対象とした4～8週コースの長期の入院呼吸リハビリテーションも可能です。医師・看護師・理学療法士・作業療法士・管理栄養士・薬剤師・地域医療連携室職員や地域の訪問看護ステーション職員によるカンファランスを通して退院後の生活指導を行っています。在宅酸素療法や在宅人工呼吸療法を行っておられる患者さんに対しては、看護師が外来でも生活指導を継続しています。
肺癌はスパイラルCTやシンチグラフィなどの各種画像診断、気管支鏡下生検、CTガイド下生検、などの内科的診断法に加え、呼吸器外科との連携により、縦隔鏡下生、胸腔鏡下生検を行い、肺癌の早期診断に努めています。診断後は可能な症例は外科的切除とし待機期間をできるだけ短縮すべく努めています。化学療法の対象者には。患者さんの生活の質を維持するため外来化学療法を積極的に行っています（状態に応じて入院化学療法も行っています）。また、緩和医療チームを結成し準終末期～終末期医療にも取り組んでいます。
特発性間質性肺炎などのびまん性肺疾患の経験を積んだ医師がいます。適切な診断と病期を考慮した治療を選択しています。呼吸不全時には在宅酸素療法や在宅人工呼吸療法（NPPVが主）を導入しています。
気管支喘息を専門とする医師がいます。最先端の知識を生かして難治性の咳喘息や内服ステロイド依存状態の重症喘息を治療することができます。
睡眠時無呼吸症候群（SAS）を20年近く診療してきた医療スタッフがいます。治療困難症例でのCPAP導入を得意としています。SAS患者さんは虚血性心疾患・脳血管障害などの循環器系疾患や糖尿病・高コレステロール血症などの代謝性疾患を合併されていることが多いため十分に評価して必要な場合には専門医にコンサルトしています。